コイノニアキリスト教会の前身であった愛隣チャペルキリスト教会は、
長年に渡り宣教師が中心となり福音宣教の働きを積み上げてまいりましたが
１９８５年、ビショップ宣教師ご一家がディプテーションの為に
一時帰国されている間に臨時総会をもって
福音バプテスト宣教団から退団をして行きました。
宣教団に残る信徒達は、１９８５年７月７日より、信徒の家に集まり、
主日礼拝を守っておりました。
ビショップ宣教師ご一家が戻られてからは、
ビショップ宣教師の借家札幌市福住にて主日礼拝を守っておりました。
教会名を「教会の場所が変わっても同じ教会名を使い続けたい」との思いの中で、
全員賛成で「コイノニアキリスト教会」と決めました。
教会として、ビショップ宣教師ご家族の住まいとして使用出来る様な家を
探しておりましたところ、この地に市場であった建物が与えられました。
暫くは、二階の一室で礼拝を守っていましたが、
ビショップ宣教師を中心に、一階を手作りで
礼拝堂、玄関、ベビールーム、台所、トイレ等を作り、
１９８６年のクリスマスを一階礼拝堂にてお祝いする事ができました。
１９８７年１月１１日に献堂記念式を行いました。
福音バプテスト宣教団に３９年に渡り訳されてこなかった「FWBの論文」を
平賀桂一兄がデイル・ビショップ宣教師の手を借りて日本語に訳し
「福音バプテスト宣教団の論文」（１９９３年５月発行）として
「FWBの信仰の基準」を知ることが出来る様になりました。
これによって、「コイノニアキリスト教会規約」が作られ
１９９４年６月２３日当教会は「宗教法人」の認証を受け、
同年７月１１日より「規則」の施行が行われて来ました。
創立２０周年には、教会外壁を一新。
２００６年９月２３日には、創立２０周年記念式を感謝のうちに行う事が出来ました。
待望された納骨堂も２００６年１０月２８日に完成引き渡しを受け、
１１月５日（主日）現地にて納骨堂献堂式を行いました。